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液相色譜儀分析中保留時間不重現有保留時間漂移和保留時間波動兩種情況。者是指保留時間僅沿單方向發生變化，后者指保留時間無固定規律的波動。保留時間漂移的原因有色譜柱平衡、固定相流失、色譜柱污染、流動相組成變化、流動相污染和疏水坍塌等。事實上，保留時間漂移往往是由色譜柱老化引起的。
一、色譜柱平衡：
液相色譜中保留時間發生漂移，先應考慮色譜柱是否已用流動相wan全平衡。通常平衡需要10～20倍柱體積的流動相，但如果在流動相中加入少量添加劑（如離子對試劑），則需要相當長的時間平衡色譜柱。
二、固定相流失：
固定相的穩定性都是有限的，即使在推薦的pH值范圍內使用，固定相也會慢慢水解。例如硅膠基質在pH = 4時水解穩定性zui好。
固定相水解速度與流動相類型和配體有關。雙官能團配體和三官能團配體比單官能團配體的鍵合相穩定，長鏈鍵合相比短鏈鍵合相穩定，烷基鍵合相比氰基鍵合相穩定的多。
經常清洗色譜柱也會加速固定相水解。
三、色譜柱污染：
液相色譜柱是非常有效的吸附性過濾器，它可以過濾并吸附流動相攜帶的任何物質。污染源可以是流動相本身、流動相容器、連接管、泵、進樣器、密封墊和樣品等。通常通過實驗可判斷污染來源。
如果樣品中有在色譜柱上保留很強的組分，這些組分可能是使保留時間漂移的潛在根源，根源通常是樣品基質，可以通過固相萃取等樣品處理除去樣品基質。通常樣品中強保留組分的分子量較高，保留時間漂移的同時或其后，反壓會增加。
四、流動相組成變化：
流動相組成的緩慢變化也是保留時間漂移的常見原因，如流動相中易揮發組分的揮發和循環使用流動相等。
五、流動相污染：
溶于流動相中的少量污染物可能慢慢富集到色譜柱上，從而造成保留時間漂移。
注意：水是很容易污染的流動相成分。
六、疏水坍塌：
當小孔徑和端基封口良好的反相色譜柱使用接近100%的水為流動相時，有時會發生分離突然喪失、樣品保留明顯降低或wan全不保留，此現象稱為疏水坍塌。
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